Uma das principais atividades do Museu centra-se na preservação e organização do acervo, bem como do desenvolvimento de pesquisas históricas e museológicas. O Setor de Acervo e Pesquisa é responsável pela aquisição, conservação preventiva, preservação e salvaguarda de acervos; execução dos projetos expográficos e contato e intercâmbio com instituições congêneres. Os acervos são pertencentes a profissionais que atuaram principalmente no Rio Grande do Sul e de instituições ligadas à Medicina e a Saúde do Estado.
O MUHM possui acervos proveniente de doadores individuais - médicos e seus familiares, e de instituições que foram cedidos para sua salvaguarda.
Seção de Acervo Arquivístico
Organiza-se através de fundos institucionais e pessoais, compostos por fotografias, diplomas, receituários, anotações médicas, cartas, teses de Medicina, entre outros itens.
Seção de Acervo Tridimensional
Composta por instrumentos médico-cirúrgicos, aparelhos de diagnósticos, frascos de medicamentos, mobiliário hospitalar, entre outros. São objetos das mais diversas materialidades, responsáveis por contar a história e a evolução da Medicina.
Seção de Acervo Bibliográfico
Constituída por livros, periódicos e catálogos sobre especialidades médicas, História da Saúde e da Medicina, além de obras literárias escritas por médicos. O Acervo Bibliográfico conta com cerca de sete mil obras, sendo que destas, 500 são consideradas raras.
Como doar acervo
A seleção e a busca dos materiais de doadores de acervos de tipologia “médica” são realizadas pelo setor de Acervo e Pesquisa. Receberemos doação de acervo de médicos que tenham nascido no Rio Grande do Sul ou que tenham desenvolvido sua vida profissional neste Estado e de instituições médicas. Sempre se avalia a importância histórica, política e científica, as condições de conservação, armazenamento e manutenção; o tamanho, volume ou quantidade do acervo disponível para doação.