Foi inaugurado em 01 de Setembro de 1910, destinado ao tratamento gratuito das vítimas de animais hidrófobos, por iniciativa da Faculdade de Medicina de Porto Alegre, atual UFRGS, à época em que não havia vacina contra a raiva canina. Funcionava em um prédio à Praça Dom Feliciano nº 6, em Porto Alegre, e posteriormente na rua General Vitorino, sempre em prédios alugados. Seu primeiro diretor foi o Dr. Raymundo Gonçalves Vianna. A meta do Instituto era diminuir o coeficiente de mortalidade pela raiva, o que foi alcançado. Em 1932, a Faculdade de Medicina passou à esfera federal, e o Instituto ficou a cargo do Governo do Estado do RS.
FRANCO, Álvaro; RAMOS, Sinhorinha Maria. Panteão Médico Riograndense: síntese cultural e histórica. São Paulo: Ramos e Franco Editores, 1943, p.110 http://memoria.bn.br/DocReader/DocReader.aspx?bib=829447&pesq=%22%20INSTITUTO%20PASTEUR%22&pasta=ano%20190&pagfis=8240
HASSEN, Maria de Nazareth Agra; RIGATTO, Mario. Fogos de bengala nos céus de Porto Alegre: A Faculdade de Medicina fez 100 anos. Porto Alegre: Tomo Editorial, 1998, p. 68.